In Hohenems kam es im Jahr 1617 zur ersten Ansiedlung von Juden, als Graf Caspar von Hohenems 12 jüdische Familien aus Süddeutschland und der Schweiz (Rheineck) in seiner Reichsgrafschaft aufnahm. 1770 erlaubte das Oberamt in Bregenz den Bau einer Synagoge mit angeschlossener Rabbinerwohnung, die die Gemeindemitglieder gemeinschaftlich finanzierten. Damals zählte man 175 Juden und 180 Jüdinnen, die insgesamt 46 Häuser mit ihren Kindern bewohnten. Die Erlaubnis zum Synagogenbau kann im katholisch-antijüdischen Habsburgerreich als absolute Besonderheit gelten. Der im Zentrum des Wohnviertels befindlich Bau war die bedeutendste Barocksynagoge Österreichs und fasste 300 Personen. Sie überstand die NS-Zeit, wurde aber im Inneren für verschiedene Zwecke verändert. 1952 wurde sie von der IKG für Tirol und Vorarlberg an die Marktgemeinde Hohenems verkauft, die das Gebäude bis 2001 als Feuerwehrhaus nutzte. Die Nutzung als Feuerwehrhaus war bereits in der NS-Zeit geplant, konnte aber aus Geldmangel nicht realisiert werden. Seit dem Umbau 2003/04 dient es als Veranstaltungsraum.

Zum Zeitpunkt der Erlassung des Israelitengesetzes 1890 war Hohenems die einzige Israelitische Kultusgemeinde auf dem Gebiet des historischen Tirol, sodass ihr die Matrikelführung über den gesamten Verwaltungsbereich oblag. Die Juden von Innsbruck und Meran mussten trotz der offensichtlich sehr unbefriedigenden Situation lange warten, bis sie eigene Kultusgemeinden gründen konnten. Zugleich geriet Hohenems in finanzielle Schwierigkeiten, da die Gemeinde unter massiver Abwanderung litt. 1914 verlor die Gemeinde den Rabbiner durch dessen Übersiedlung nach Innsbruck.

Der kleine verbliebene Rest der Gemeinde wurde von den Nazis vertrieben oder ermordet, viele Kult- und Einrichtungsgegenstände der Synagoge wurden von der Gestapo konfisziert und nach Wien verbracht. Der letzte Kultusvorstand, Theodor Elkan, kämpfte bis nach Kriegsbeginn für den Erhalt des Gemeindebesitzes, der abgesehen vom Barvermögen jedoch bereits von der Marktgemeinde Hohenems verwaltet wurde. Alle Kultusgemeinden außerhalb Wiens wurden 1940 aufgelöst und in die Wiener Kultusgemeinde eingegliedert, so auch die Kultusgemeinden Hohenems und Innsbruck. Der Besitz samt aller Liegenschaften ging endgültig auf die Marktgemeinde über.

Das kulturelle und historische Erbe der jüdischen Gemeinde Hohenems wird heute im Jüdischen Museum Hohenems dokumentiert und mit einem vielfältigen Programm lebendig gehalten. Das Jüdische Museum Hohenems ist lokal verankert und zugleich international vernetzt. Eigenständige museologische Zugänge und die Teilnahme an überregionalen Projekten rücken immer wieder andere und neue Themen in den Fokus und eröffnen transdisziplinäre Perspektiven. Sie fördern langfristige Kooperationen und grenzüberschreitende Zusammenarbeit durch wissenschaftliche und künstlerische Austauschformate in Lehre, Forschung und Bildung.

Im Jahr 1872 wird vermerkt: Es gibt ein Betzimmer im Haus der Familie Dannhauser im 5. Stock des Hauses Judengasse 107 (Schlossergasse 15), demselben Haus, das bereits die Familie May 1670 gekauft hatte und damals schon über ein Betzimmer verfügte. Nur zu den Hohen Feiertagen gab es Gottesdienste.

Das Interesse war groß, aufgrund des starken Zuwachses eine von Hohenems unabhängige Gemeinde zu gründen und zumindest wurde nach Erlassung des Israelitengesetzes 1890 in den Statuten der Gemeinde Hohenems festgeschrieben, dass lokale Komitees zur Befriedigung der Kultusbedürfnisse gegründet werden dürfen. Davon machte man in Innsbruck auch Gebrauch. Man erhielt bereits 1891 beim Landesschulrat die Bewilligung, eine „israelitische Privatschule für Religionsunterricht“ zu gründen. Ab 1892 war ständig ein Religionslehrer anwesend.

1897 richtete man in der Anichstraße 7 bei Michael Brüll einen offenbar schönen Betsaal ein, zumal man bereits 8 Jahre davor den Betraum in der Judengasse (Schlossergasse 15) wegen Verkauf des Hauses aufgeben musste. Bald stand aber auch der Raum in der Anichstraße nicht mehr zur Verfügung, deshalb mietete man ab 1910 nach langer Suche das Stöckelgebäude des seit rund 100 Jahren im jüdischen Besitz befindlichen Hauses in der Sillgasse 15 (ursprünglich Familie Weil, später Martin Steiner, Markus Loewe und Julius Stern).

Aufgrund des weit verbreiteten Antisemitismus fand sich sonst niemand, der einen Raum für jüdische Gottesdienste vermieten wollte, und die rund 200 Juden in der Stadt waren aufgrund laufender Spenden für die Pogromopfer in Osteuropa zu einem Ankauf eines Gebäudes nicht in der Lage. Immerhin bewilligte die Stadt 1912 den Ankauf eines Bauplatzes in der Gutenbergstraße. Das Rechtsgeschäft konnte erst nach der formellen Gründung der Kultusgemeinde abgeschlossen werden.

Erst 1914 gelang es nach einem Beschluss des Ministeriums für Kultus und Unterricht vom 20. Juli 1913, eine Kultusgemeinde für Nordtirol zu gründen. Die Landesverwaltung stellte sich seit dem Erstantrag 1909 gegen die Schaffung einer Kultusgemeinde in Tirol. Die Kultusgemeinde in Hohenems und die Königswarter-Stiftung in Meran (siehe unter „Geschichte“) stellten sich ebenfalls gegen eine Gründung in Innsbruck. Letztere aus Angst, Innsbruck könnte Anspruch auf die in Entstehung begriffene Gemeinde in Meran erheben. Nach der Bewilligung wurde im März 1914 der erste Vorstand gewählt und Rabbiner Dr. Josef Link übersiedelte von Hohenems nach Innsbruck. Zur Errichtung der Synagoge in der Gutenbergstraße, die „Kaiser-Karl-I.-Huldigungstempel“ (!) heißen sollte, kam es nicht, da das Vermögen in Kriegsanleihen angelegt und damit verloren war. In der Zwischenkriegszeit gingen die Bemühungen um den Bau einer Synagoge weiter, wurden aber vermutlich aus finanziellen Gründen 1936 fallengelassen. Die Synagoge in der Sillgasse, die im Gegensatz zu den Synagogen in Hohenems und Meran eigentlich mehr ein Betsaal war als eine vollwertige Synagoge, bot 200 Personen Platz und erfüllte damit im Wesentlichen die Bedürfnisse der nicht sehr religiösen Gemeinde.

Nachdem der erste und allseits beliebte Rabbiner von Innsbruck, Josef Link, 1932 starb, wurde das Amt auf den in Krakau geborenen, in Wien ausgebildeten, zionistisch gesinnten Rabbiner Dr. Elimelech Rimalt übertragen. Er erhielt nach langem Bemühen 1934 die Österreichische Staatsbürgerschaft, eigentlich damals eine Voraussetzung für diese Berufung, und konnte 1939 Österreich rechtzeitig Richtung Israel verlassen, wo er 26 Jahre lang der Knesset angehörte und kurz sogar als Postministers tätig war. Bis zu seinem Tod 1987 kam er immer wieder nach Innsbruck auf Besuch und pflegte unter anderem mit dem jetzigen Präsidenten Siegfried Aviel Gitterle freundschaftlichen Kontakt.

1946 wurde Rudolf Brüll als offizieller Vertreter der Jüdinnen und Juden von der Tiroler Landesregierung eingesetzt. Er richtete 1948 das Büro der (formell noch nicht wiedererstandenen) Kultusgemeinde im Möbelgeschäft Anichstraße 7 ein. Es befanden sich abgesehen von den DPs zu dieser Zeit wieder rund 80 Jüdinnen und Juden in der Stadt. Der französische Feldrabbiner hielt bis 1953 zusammen mit den jüdischen Soldaten in der von Rudolf Brüll bewohnten Villa Gottesdienste ab.

Das Stöckelgebäude in der Sillgasse 15 stand zwar noch (ein Teil des Hauptgebäudes wurde 1943 durch einen Bombentreffer zerstört), war als Synagoge aber nicht mehr brauchbar und diente als Heim für jüdische Studenten. Möglicherweise bestand zu diesem Gebäude seitens der Rückkehrer keine besondere Bindung mehr, da sonst schwer erklärbar ist, warum sich Rudolf Brüll zwar mit dem Gedanken eines Synagogenneubaues trug (siehe unten), aber nicht um den Erhalt des Betraumes bemüht war. Wann das Gebäude dann abgerissen wurde, ist nicht bekannt, es dürfte aber spätestens 1964 entfernt worden sein, wie Orthofotos aus dieser Zeit belegen. 1981 wurde eine Gedenktafel enthüllt, die auf dem Parkplatz, der hier zwischenzeitlich eingerichtet wurde, keinen würdigen Platz fand.

Offenbar besaß die Gemeinde vor dem Anschluss 14 Torahrollen, die ursprünglich aus Hohenems stammten und von denen 2 wieder rückgestellt wurden. Vermutlich sind das jene beiden, die in der Zollerstraße verwendet und 1993 in die neue Synagoge überstellt wurden. Sie stammen aus Prag, und zwar aus der Zeit um 1900.

Rudolf Brüll bemühte sich aufgrund der verwertbaren Liegenschaften um die (rechtlich nicht einwandfreie) Rechtsnachfolge der Hohenemser Kultusgemeinde, was in Ermangelung noch anwesender Mitglieder von den Behörden zwar akzeptiert, von der Marktgemeinde Hohenems jedoch bekämpft wurde. Auch musste der von den Nazis erzeugte Umstand bereinigt werden, dass die IKG Wien aufgrund der Einverleibung 1940 Rechtsnachfolgerin war. Die Synagoge in Hohenems konnte letztendlich 1952/53 an die Marktgemeinde (neuerlich, diesmal rechtmäßig) verkauft werden. 1953 wurden das (später abgerissene) Rabbinatshaus und das Schulhaus an eine Privatperson verkauft. Man hoffte damit, die Grundlage für die Errichtung einer neuen Synagoge in Innsbruck schaffen zu können, zumal der IKG in Innsbruck jegliche Mittel fehlten, die baufälligen Liegenschaften in Hohenems renovieren zu können. 1954 wurde der Friedhof in Hohenems der „Vereinigung zur Erhaltung des Friedhofes in Hohenems“ in St. Gallen gegen eine Spende von 10.000,- Schilling geschenkt.

Die Genehmigung der Statuten für die nunmehrige Israelitische Kultusgemeinde für Tirol und Vorarlberg zog sich von der Genehmigung durch das Bundesministerium am 14. März 1952 bis zur Inkraftsetzung durch das Amt der Tiroler Landesregierung am 6. Dezember 1955 aufgrund zahlreicher offener Fragen (Vermögen, Bethaus, Rabbiner) in die Länge. Nach dem Tod Rudolf Brülls 1957 waren nur noch 43 Jüdinnen und Juden wahlberechtigt, 1963 gar nur noch 30. Die Gemeinde fristete ein sehr zurückgezogenes Dasein und scheute die Öffentlichkeit. Im Jahr 1961, unter der Präsidentschaft Oskar von Lubomirski, wurde ein Betraum in der Zollerstraße 1 samt Sekretariat gemietet und eingerichtet. Unter Ernst Beschinsky, Präsident der IKG zwischen 1976 und 1986, gab es vier jüdische Schulkinder, zu deren Unterricht einmal wöchentlich ein Lehrer aus München anreiste.

In der zweiten Hälfte der 80er Jahre begann sich das Verhältnis der jüdischen Gemeinde zur Öffentlichkeit zu ändern, in der die Aufarbeitung der Vergangenheit endlich möglich war. Bischof Stecher verbot die Verehrung des Anderl von Rinn und 1987 übernahm Dr. Esther Fritsch die Präsidentschaft, die die Öffentlichkeit nicht scheute und für die Weiterentwicklung der Gemeinde kämpfte.

Am 18. April 1991 wurde der Grundstein für den Bau der neuen Synagoge in Innsbruck gelegt, der der Initiative von Esther Frisch, der Unterstützung von Bischof Stecher und der großzügigen Mitfinanzierung der Stadt Innsbruck zu verdanken war. Wie es der Zufall wollte, wurde die neue Synagoge im Zuge eines Wohnbauprojektes genau dort wieder möglich, wo sich die alte Synagoge bis 1938 befand: in der Sillgasse 15. Am 21. März 1993 konnte die Eröffnung des von Architekt Michael Prachensky gestalteten Baues unter großer Anteilnahme der Öffentlichkeit vollzogen werden. Siehe nähere Details unter „Gemeindezentrum“.

2014 wurde das Gemeindezentrum mit finanzieller Unterstützung von Bund, Land und Stadt durch einen Mehrzwecksaal nach den Plänen des Architektenehepaares Ada und Reinhard Rinderer erweitert. Die umfangreiche Judaica- und Hebraica- Sammlung des Kinderarztes Dr. Thomas Weggemann wurde der Gemeinde 2024 als Leihgabe übergeben, als Dauerausstellung im Vorraum gestaltet, mit einer von Dr. Ursula Schattner-Rieser herausgegebenen wissenschaftlichen Publikation begleitet und am 16. September desselben Jahres feierlich eröffnet.